Die Handlung der Oper Pepí?ek und Aninka, zwei arme Geschwister, wollen ihre kranke Mutter retten. Der Arzt verschreibt ihr Milch, doch es fehlt ihnen das Geld, um den Milchmann zu bezahlen. Sie beobachten den Leierkastenmann Brundibár, der für seine Musik Münzen erhält und beschließen, es mit ihrem Gesang ebenso zu versuchen. Doch der böse Brundibár vertreibt sie vom Marktplatz. Ratlos legen sie sich schlafen, als ein Spatz, eine Katze und ein Hund auftauchen und ihnen ihre Hilfe anbieten. Zusammen alarmieren sie alle Kinder aus der Nachbarschaft, überwältigen Brundibár und erhalten durch ihren Gesang Geld, welches ihnen dann aber von Brundibár gestohlen wird. Kinder und Tiere jagen Brundibár und bekommen ihren Lohn zurück. Das Finale der Oper besteht in einem triumphalen Marsch, der an das bedingungslose Zusammenhalten von Freunden appelliert.